Донья бутылок или днища бутылок
Если речь о нижней части водоёма, слово «дно» множественного числа не имеет: дно моря, дно реки. А вот у сосуда форма множественного числа возможна.
Поэтому правильно: донья бутылок, банок, бочек. «Днища» тоже существует, но обычно обозначает нижнюю часть крупного предмета или конструкции, например днище корабля или автомобиля.
Культура речи